Les compagnies aériennes estiment qu’elles devront payer très cher pour un facteur qu’elle ne pas peuvent pas contrôler: le mauvais temps. Elles se plaignent aussi que des moyens de transport rivaux, tels que les trains à grande vitesse, n’aient pas à faire face aux mêmes contraintes, et que le contrôle de la navigation aérienne et les aéroports notamment ne soient pas touchés par ces mesures. Easyjet critique également le fait que la compensation ne soit pas liée au prix payé.80% des annulations sont dus à des problèmes opérationnels sur lesquels les lignes aériennes n’ont aucun contrôle. Les exploitants de liaisons régionales, qui ont peu de trafic et desservent des aéroports secondaires souvent plus touchés par le mauvais temps, sont également indignés. L’association, qui représente 65 lignes aériennes, a évalué que le coût supplémentaire de compensation s’élèverait à environ 2% du chiffre d’affaires d’une compagnie. Des petites lignes aériennes régionales craignent surtout que les dispositions permettent aux passagers des longs courriers de revendiquer un remboursement pour tout leur voyage si le dernier vol local est annulé. L’IATA craint que les lignes aériennes puissent être découragées de servir des destinations régionales exposées, tandis que le temps des correspondances va probablement être allongé pour réduire au minimum les risques causés par des retards. L’IATA a entamé des démarches à la cour de justice européenne pour défier les nouvelles règles de compensation.
